Von der Unternehmensteuerreform 2008 ist auch die Gewerbesteuer betroffen. Neben den Regelungen im Einkommensteuergesetz, wonach die Gewerbesteuer keine Betriebsausgabe mehr ist und im Gegenzug der Faktor für die Anrechnung der Gewerbesteuer auf die Einkommensteuer von 1,8 auf 3,8 erhöht wird, kommt es zu folgenden Änderungen:
Die Änderungen beim „Mantelkauf“ schlagen auf die gewerbesteuerlichen Verlustvorträge durch. Werden innerhalb von fünf Jahren mittelbar oder unmittelbar mehr als 25 % der Anteile oder Stimmrechte an einer Kapitalgesellschaft an einen Erwerber, eine diesem nahe stehende Person oder eine Gruppe von Erwerbern mit gleichgerichteten Interessen übertragen, gehen die gewerbesteuerlichen Altverluste quotal bzw. vollständig unter.
Bei der Berechnung der Gewerbesteuer kam für Personenunternehmen bisher auf den Gewerbeertrag ein Prozentsatz von 1 % bis 5 % (Steuermesszahl) in Staffelform zur Anwendung. Je 12.000 € Gewerbeertrag erhöhte sich die Messzahl um 1 %, so dass die Steuermesszahl von 5 % erst ab 72.500 € galt. Der Freibetrag von 24.500 € bleibt bestehen. Der Staffeltarif wird bei gleichzeitiger Senkung auf die einheitliche Messzahl von 3,5 % abgeschafft.
Die Hinzurechnungsvorschriften für die Überlassung von Geld- und Sachkapital werden vereinheitlicht und zusammengefasst. Erfasst werden u. a. alle Zinszahlungen für Darlehen (vorher nur Dauerschuldzinsen) und die Finanzierungsanteile aus Mieten, Pachten und Leasingraten. Aus der Summe, die sich aus den einzelnen Hinzurechnungstatbeständen ergibt, werden bei Gewährung eines Freibetrags von 100.000 € dem Gewinn aus Gewerbebetrieb 25 % der Summe hinzugerechnet. Die Summe wird insbesondere gebildet aus: Entgelten für Schulden einschließlich des Aufwands aus nicht dem gewöhnlichen Geschäftsverkehr entsprechenden gewährten Skonti oder wirtschaftlich vergleichbaren Vorteilen, bestimmten betrieblichen Renten und dauernden Lasten, Gewinnanteilen des stillen Gesellschafters, 20 % der Miet- und Pachtzinsen (einschließlich Leasingraten) für die Benutzung der beweglichen Wirtschaftsgüter des Anlagevermögens, 75 % der Miet- und Pachtzinsen (einschließlich Leasingraten) für die Benutzung der unbeweglichen Wirtschaftsgüter des Anlagevermögens 25 % der Aufwendungen für zeitlich befristete Überlassungen von Rechten (z. B. Lizenzen).